生物学论文_基于单细胞转录组测序分析人肋来源

文章目录

文题释义：

0引言Introduction

1 材料和方法Materials and methods

1.1 设计

1.2 时间及地点

1.3 材料

1.4 方法

    1.4.1 人软骨细胞的分离和扩增

    1.4.2 细胞捕获和单细胞文库的构建

    1.4.3 Cell Ranger测序

    1.4.4 主成分分析

    1.4.5 T分布随机邻域嵌入

    1.4.6 K-meas算法

    1.4.7 簇细胞类型注释和标记基因鉴定

1.5 主要观察指标

1.6 统计学分析

2 结果Results

2.1 10X Genomics样品处理和cDNA文库制备

2.2 根据单细胞转录组测序数据进行细胞分群

2.3 细胞亚群标记基因参与的生物过程

3 讨论Discussion

文章摘要:背景:肋软骨是人体组织中一类重要的软骨来源,常作为软骨自体移植和组织工程构建的种子细胞来源。单细胞测序是分析细胞异质性的强大工具,可针对肋软骨细胞进行细胞异质性的深入研究。目的:通过单细胞转录组测序分析人肋软骨组织细胞分群情况,以及每个细胞亚群参与的生物学过程。方法:临床获取1例31岁小耳重建手术后废弃的肋软骨组织制成原代细胞悬液,经10X Genomics平台进行单细胞分离,使用Gel Bead Kit V3构建单细胞RNA-seq文库,Illumina Novaseq6000测序仪对文库进行测序,并利用主成分分析和T分布随机邻域嵌入进行降维,获得4个亚群细胞,进而获得不同亚群细胞的标记基因,再对每个细胞亚群的标记基因进行GO和KEGG分析,分析这些基因可能参与的生物学过程。结果与结论:测序共获取6 634个细胞,符合质控标准。将肋软骨细胞划分为4个细胞亚群,分别为以COL10A1、S100A2为标记基因的肥大软骨细胞群;以BMP2、COL2A1为标记基因的软骨细胞群;以FOS、JUN为标记基因的增殖性细胞群;以MYLK、CD146为标记基因的干细胞群。将肋软骨细胞进一步划分细胞亚群,有利于深入了解肋软骨细胞的异质性,对其作为种子细胞应用及疾病认识都有积极意义。

文章关键词:

项目基金:《分子科学学报》 网址: http://www.fzkxxbzz.cn/qikandaodu/2021/1106/1323.html